У 1995-2000 рр. досліджена комплексна тема „Соціально-економічний, політичний і культурний розвиток Закарпаття після возз’єднання: інтеграція в загальноукраїнські процеси”. На її базі у 2003 році видано друком третій том „Нарисів історії Закарпаття. 1945-1991 рр.”, обсягом 645 сторінок. Також у 1995-1999 рр. досліджувалися теми: „Сучасний стан агропромислового комплексу Закарпаття” та „Ефективність роздержавлення і приватизації власності підприємств Закарпаття”.

У 2000-2001 роках досліджувалася тема “Політична і економічна поведінка поліетнічної громади в ринкових умовах”, а у 2002-2003 рр. – теми: „ Міжетнічні відносини на Закарпатті: стан, тенденції, шляхи поліпшення”, „Доцільність і перспективи розвитку швейної промисловості в Закарпатській області” та „Вивчення громадської думки населення Закарпаття з питань політичної реформи”.

У 2004-2005 роках були виконані два масштабні наукові дослідження: “Роль Карпатського Єврорегіону в системі транскордонного співробітництва в умовах розширення Європейського союзу на Схід” і „Дослідження впливу розширення ЄС на ціннісні орієнтири та соціальне самопочуття національних меншин Закарпатської області”.

У 2006-2007 рр. досліджувалися теми: “Механізми забезпечення довгострокового життєздатного економічного розвитку на місцевому та регіональному рівнях (за матеріалами Закарпатської області)” і „Дослідження впливу структурної трансформації економіки Закарпатської області на ефективність використання соціальних ресурсів села”.

З 2007 року Центр бере участь у комплексному науковому проекті „Інтелектуальна автоматизована інформаційно-аналітична система супроводження бюджетного процесу на базі вітчизняного суперкомп’ютера”.

У 2011 році предметом дослідження була тема «Інформаційно-аналітична система супроводження бюджетного процесу на регіональному рівні (Тернопільська, Чернівецька області)».

У дослідженні системно доопрацювано наявні блоки інформаційно-аналітичної системи супроводження бюджетного процесу на регіональному рівні на прикладі Тернопільської та Чернівецької областей та виявлено особливості функціонування економік цих областей з метою формування інформаційного забезпечення та параметризації комплексу моделей ІАСБП.

Також досліджувалися теми: «Наукове забезпечення формування людського потенціалу інноваційного розвитку Закарпаття» (2008-2009),

«Регіональні підходи сприяння входженню України в ЄС» (2009-2010), «Економічна трансформація гірських територій Закарпатської області: оцінка сучасного стану та перспективи розвитку» (2010-2011). По останній темі дослідженням узагальнено основні тенденції соціально-економічного розвитку гірських територій Закарпатської області в умовах становлення ринкових відносин з позиції формування багатоукладності сільської економіки, функціонування нових суб’єктів господарювання та вивчено їх вплив на процеси життєдіяльності сільського населення. На основі соціологічного дослідження отримано зворотну інформацію по ключових проблемах економічного розвитку досліджуваних територій: динаміці становлення підприємницьких структур, ефективності функціонування нових форм господарювання на селі, стану соціальної інфраструктури, тенденціїй демографічного розвитку населення, ситуації в сфері трудових відносин, зайнятості та рівня життя тощо. Також складено паспорти усіх 215 населених пунктів Закарпатської області, які мають статус гірських та розроблено пропозиції для органів регіональної та місцевої влади.

Зараз Центр досліджує теми: «Стратегічні пріоритети економічного розвитку регіону до 2020 року (на матеріалах Закарпатської області)» та «Регулювання трудоміграційних процесів в транскор-донному регіоні».

Науковці Центру беруть активну участь у розробці концептуальних документів діяльності органів регіональної влади. Так, у 2000 році силами Центру була розроблена комплексна „Програма соціально-економічного розвитку Берегівського району на період 2001-2004 рр. та на перспективу”. У 2001 році Центр брав участь у розробці програми „Закарпаття 2004. Поступ у ХХІ століття”, а у 2004 році – „Стратегії соціально-економічного розвитку Закарпатської області на період до 2011 року”. У 2005 р. науковці Центру приймали участь у розробці для Закарпатської ОДА науково-теоретичного напряму Стратегії розвитку транскордонного співробітництва Карпатського єврорегіону на 2003-2011 рр., а у 2006 році, спільно з Інститутом регіональних досліджень НАН України, брали участь у експертній оцінці та у підготовці Стратегії розвитку Закарпатської області до 2015 року.

В ході виконання теми “Економічна трансформація гірських територій Закарпатської області: оцінка сучасного стану та перспективи розвитку” підготовлено науково-аналітичну записку та концепцію розвитку для місцевих та регіональних органів влади “Оцінка сучасного стану та перспектимви розвитку гірських територій Закарпатської області”